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2009年，三峽大學(xué)整合水利、土木、生態(tài)學(xué)等優(yōu)勢(shì)學(xué)科資源，申報(bào)獲批三峽庫(kù)區(qū)生態(tài)環(huán)境教育部工程研究中心，并于2013年通過(guò)教育部驗(yàn)收。

中心立足三峽庫(kù)區(qū)，輻射全國(guó)水利水電工程。建立了2個(gè)省級(jí)國(guó)際科研平臺(tái)；加入了5個(gè)關(guān)于長(zhǎng)江大保護(hù)的國(guó)家級(jí)、省部級(jí)平臺(tái)，為“長(zhǎng)江經(jīng)濟(jì)帶”、“長(zhǎng)江大保護(hù)”和水庫(kù)高效運(yùn)行提供科技支撐。形成了三峽庫(kù)區(qū)水污染控制與水華應(yīng)急技術(shù)、三峽庫(kù)區(qū)庫(kù)岸防護(hù)與生態(tài)恢復(fù)技術(shù)和工程影響魚(yú)類(lèi)保護(hù)與過(guò)壩技術(shù)3個(gè)特色方向，具有較強(qiáng)的團(tuán)隊(duì)攻關(guān)能力和解決工程影響的生態(tài)環(huán)境問(wèn)題能力。建成特色鮮明、國(guó)際上有影響、國(guó)內(nèi)一流的水利水電影響下的生態(tài)環(huán)境工程研究中心。三峽庫(kù)區(qū)生態(tài)環(huán)境教育部工程研究中心以持續(xù)改善長(zhǎng)江生態(tài)環(huán)境為目標(biāo)，聚焦三峽水庫(kù)支流庫(kù)灣富營(yíng)養(yǎng)化和水華問(wèn)題、水庫(kù)消落帶生態(tài)恢復(fù)問(wèn)題和大壩阻斷魚(yú)類(lèi)洄游通道等突出環(huán)境問(wèn)題，持續(xù)對(duì)長(zhǎng)江大保護(hù)修復(fù)攻堅(jiān)戰(zhàn)提供決策支持。